Церковные наказания -- покаяния, епитимьи, анафемы всякие... То есть то, что церковь сама может с человеком сделать.

Телесные наказания всегда назначало светское правосудие. И костры, кстати, тоже. См. те самые соборные уложения -- они "соборные" не потому, что в соборе написаны (ну да, а уголовный кодекс тогда уголовники написали?) ;)