Историк как раз и должен трактовать источники -- иначе непонятно, зачем он вообще нужен.

Если считать историю продолжением и инструментом идеологии, то источники можно трактовать как угодно. Можно даже вообще без них обходиться.

Если считать историю наукой, то любая трактовка должна соответствовать всем известным историческим фактам, а за пределами известного руководствоваться ринципом Оккама (в нашем случае: если есть человек, писавший еретические тексты, и решение суда, осуждающее его за написание этих текстов, то трактовка событий однозначна, и не надо её переусложнять предположениями, что подсудимый был сожжён за занятия астрономией или, допустим, за совращение любимой овцы председателя суда).